Родился 25 декабря 1873 г. в селе Кикино Чембарского уезда Пензенской губернии, ныне Каменский район Пензенской области (сам Бигеев должного внимания дате и месту рождения не уделял, что привело к разночтениям). Его отца назначили ахуном в Ростов-на-Дону, и семья переехала.
Бигиев имел как светское, так и богословское образование — окончив реальное училище в Ростове-на-Дону, учился в медресе Бахчисарая, Казани, Бухары, в старейшем мусульманском университете «Аль-Азхар» в Каире. В мае 1905 г., вернувшись на родину, женился на дочери чистопольского купца и ишана М.-З. Камалова, основателя медресе «Камалия». Перебравшись в Петербург, Бигиев посещал лекции на юридическом факультете Петербургского университета, публиковался в газете «Ульфят» (Согласие), работал над созданием партии «Иттифак аль-Муслимин» (Союз мусульман).
